Se denomina microbiota intestinal a la comunidad de microorganismos vivos que alberga el tubo digestivo humano.

El intestino humano contiene unos 100 billones de bacterias de unas 500 a 1000 especies distintas. El estómago y el duodeno son las partes del intestino con menos microorganismos, sobretodo porque la secreción ácida del estómago y la bilis destruyen una gran parte de las bacterias. El número de bacterias va aumentando a lo largo del intestino y es en el colon donde existe la mayor densidad de población de bacterias.

Por tanto, las bacterias de la microbiota intestinal son necesarias para el desarrollo del sistema inmunitario del individuo.

La microbiota es indispensable para el correcto crecimiento corporal, el desarrollo de la inmunidad y la nutrición. Las alteraciones en la microbiota podrían explicar, por lo menos en parte, algunas epidemias de la humanidad como el asma y la obesidad. La disbiosis se ha asociado a una serie de trastornos gastrointestinales que incluyen el hígado graso no alcohólico, la enfermedad celíaca y el síndrome de intestino irritable.